Es kann vorkommen, dass eine Neuerstellung von XJE notwendig ist. Dieses Problem stellt sich spätestens, wenn eigene Änderungen oder Erweiterungen programmiert wurden. Was soll dann mit den Konfigurationsdateien geschehen und welche Klassen sind von den gemachten Änderungen außerdem betroffen?
Diese Fragen sind am einfachsten durch eine Neuerstellung des vorhandenen XJEs zu beantworten. Die erforderlichen Schritte sind die gleichen, wie sie bei der Bearbeitung eines neuen Java-Projekts.
Kopieren der vorhandenen Dateien in ein neues Verzeichnis.
Neu übersetzen.
Um den zweiten Schritt richtig zu machen gibt es zwei Möglichkeiten. Die erste besteht darin, mit "javac *.java" alle vorhandenen Quelltexte zu übersetzen. Dabei könnten auch Dateien übersetzt werden, die nichts mit XJE zu tun haben (erste eigene, die sich am Anfang in das Verzeichnis verirrt haben). Die zweite Möglichkeit ist konsequenter. Entfernen aller .class-Dateien und XJE.java neu übersetzen. Der konsequenteren Möglichkeit wird hier der Vorzug gegeben.
Nun sind noch zwei Dateien vorhanden, die bestimmte Einstellungen enthalten. In "TestAttr.txt" sind die Zeichensätze und Farben gespeichert, in "Options.txt" die Verhaltensweisen und Installationspfade. XJE versucht selbst seine Funktionsfähigkeit herzustellen.
Bei der Datei "Options.txt" handelt es sich nur um Optionen, weshalb XJE diese Datei selbst erstellt, wenn sie nicht vorhanden ist. Diese Datei sollte also bei der Neuerstellung gelöscht werden.
Bei "TestAttr.txt" handelt es sich um die Attribute der Darstellung. Diese sind unbedingt notwendig, um überhaupt eine Anzeige zu erhalten. Diese Datei muss vorhanden sein.
Das Script "compile" übernimmt die Aufgaben alle .class-Dateien zu entfernen und anschließend XJE zu übersetzen. Damit ist der wichtigste Schritt bereits abgeschlossen. Es sollte noch einmal überprüft werden, ob "TestAttr.txt" vorhanden ist und "Options.txt" nicht.
Das Script "start" ausführen genügt. XJE überprüft seine neue Umgebung, erstellt eine neue "Options.txt" und meldet eingeschränkte Fähigkeiten.
Mit den gelöschten .class-Dateien wurde auch die separate Steuereinheit für Prozesse entfernt. XJE bemerkt das und bietet an, diese Steuereinheit aufzubauen. Im Dialog

Kann dieses Angebot mit "Nein" abgelehnt werden. XJE kann nun weder compilieren, noch Programme starten. XJE ist jetzt einfach nur noch ein Editor. Wird XJE erneut gestartet, wird wiederholt sich die Frage.
Wird das Angebot zur Erstellung mit "Ja" beantwortet, erscheint nach kurzer Zeit die Erfolgsmeldung

oder die Fehlermeldung.

Im zweiten Fall wurden nicht alle Quelltexte in das neue Verzeichnis kopiert. Am einfachsten ist es dann, die ursprüngliche .zip-Datei in das neue Verzeichnis zu entpacken, die angepassten Scripte "compile" und "start" aus dem ersten Verzeichnis zu übernehmen und den Compile-Vorgang zu wiederholen.